Critique lié au groupe de la revue Nuevo Cine, il débute avec En este pueblo no hay ladrones (1964), placé en deuxième position au concours de cinéma expérimental qui ouvre la profession à la nouvelle génération. Chronique d'un village paisible, bouleversé par le vol des boules de l'unique billard disponible, basée sur un récit de García Márquez (qu'on aperçoit à la caisse du cinéma), le film est une anthologie de personnalités employées en caméo, à commencer par Bnuel en curé. Par la suite, Isaac réussit à décrire une éducation sentimentale (Los días del amor, 1971) et les frasques d'un guérisseur populaire (El rincón de las vírgenes, 1972). Il est moins convaincant en évoquant le théâtre de variétés (Tívoli, 1974) ou les rivalités des caudillos révolutionnaires (Cuartelazo, 1976). Sa terre natale l'inspire mieux (Tiempo de lobos, 1981 ; Maten a Chinto, 1989, avec un Pedro Armendáriz Jr. plus truculent que son père). Ses affinités sportives l'ont amené à filmer les grands événements (Olimpíada en México, 1968 ; Fútbol México 70, 1970). Il a été le premier directeur de l'Institut mexicain du cinéma, IMCINE (1983-1985).
